A Margitsziget 1686-ban még három szigetrészből állt ezeken épült a Domonkos-rendi apácák kolostora, az esztergomi érsek vára, a premontreiek és a ferences rendi minoriták temploma és kolostora és a Szent János-lovagrend vára és ispotálya. 1790-ben a bécsi udvar Sándor Lipót főhercegnek, Magyarország nádorának adta a szigetet, akinek az volt a célja, hogy a schönbrunni park mintájára alakítsa át a szigetet. 5 évvel később, Sándor Lipót halála után öccse, József nádor Tost Károly királyi főkertésszel folytatta a munkát.

A Margitsziget kertészetével már a XIII. században itt élt Domonkos-rendi apácák is foglalkoztak, ők fűszer- és gyógynövényeket termesztettek kolostoruk kertjében. Később József nádor megbízásából Tost Károly 300 fafajt honosított meg a szigeten – ahogy a nádor alcsúti kastélyának parkjában is tette. Ők telepítették be az azóta elterjedt platánokat. De persze a platán mellett számos fafaj megtalálható a szigeten: füzek, nyárfák, tűlevelűek, hársak, tölgyek, hogy csak párat említsünk.

A növények között olyan ritkaságok is fellelhetőek, mint az elegáns páfrányfenyő, a szintén Távol-Keletről származó kínai mamutfenyő, az amerikai mocsárciprus és a narancseperfa. A közel 1 km² területű angolparkban mintegy 8500 faegyed él, a cserjék száma pedig ennek többszöröse, ami nemcsak a főváros egyik nagy közparkjává, hanem Európa egyik legszebb dendrológiai parkjává is teszi a Margitszigetet.

Az 1838-as jeges árvíz szintje mintegy 2,5 méterrel ellepte a szigetet, ami a növényekben rendkívül nagy károkat okozott, ennek látványos bizonyítéka egy ma is élő narancseperfa, ami fiatalon megdőlt és úgy fejlődött idős fává. Az 1840-es években Széchenyi kezdeményezésére evezős és úszóversenyeket rendeztek a sziget mellett. A következő évtizedben a Margitsziget Szekrényessy Józsefnek, a főváros első közjegyzőjének kizárólagos bérleménye volt. Ő a pest-budaiak számára szigeti vigalmakat rendezett térzenével, tűzijátékkal, hangversenyekkel, lampionos nyári mulatságokkal egybekötve, hova saját építésű gőzhajójával szállíttatta a mulatni vágyó publikumot.

Zsigmondy Vilmos bányamérnök, a hazai artézi vizek és gyógyforrások kutatójának munkája nyomán 1867 májusában csaknem 1200 méter mélységből 43 fokos gyógyvíz tört fel. Erre a kútra alapozva született meg a hely fürdőszigetté fejlesztésének terve. József főherceg Ybl Miklóssal az egész szigetre kiterjedő tervet készíttetett, ebből 1873-ra elkészült a gyógyfürdő, két vendéglő, több villa, a Kisszálló, a gépház és a neoreneszánsz Nagyszálló. Ekkor alakították ki mesterségesen elhelyezett sziklák segítségével a vízesést is.

A ma nagyjából 2800 méter hosszú, legszélesebb részén 500 méter széles sziget a XIX. század vége előtt több kisebb-nagyobb szigetből állt. Ezek közül a kisebbeket vagy elkotorták, vagy feltöltéssel a legnagyobbhoz csatolták. A mai déli csúcs különálló sziget volt, amelyet háromféleképpen is neveztek: Budai-, Kis- vagy Festő-szigetnek. Az utóbbi nevet a rajta festegető művészekről kapta. Az északi csúcsnál lévő kis szigetet Fürdő-szigetnek nevezték, nevét onnan kapta, hogy ötven-hatvan hőforrás volt megtalálható rajta. Ezt a kis szigetet 1873-ban kotorták el.

A szigetet azonban nem csak észak-dél irányba, hanem keresztbe is bővítették. A XIX. század közepén például nyugati irányban nagyjából ott ért véget a sziget, ahol ma az autóút van.

Ebben az időben nagy gondot okoztak az árvizek, amelyek rendszeresen elöntötték a területet. A további árvízi pusztításokat elhárítandó 1876-ban a sziget eredetileg 102,5 méteres tengerszint feletti magasságát feltöltéssel 104,85 méterre emelték.

A szigetet 1900-ig csak csónakkal lehetett megközelíteni, ekkor épült meg a Margit hídnak a szigetre vezető szárnyhídja. A sziget második híd-kapcsolata 1950-ben, az Árpád híd megépülésével jött létre. 1949-ig a Margitszigetre csak belépődíj megfizetése mellett lehetett bemenni.

A Margitsziget számos hazai költőt megihletett, sok remek alkotás született a sziget árnyas fái között, ismert szerzők említették szeretett szigetüket művükben. Arany János például 1877-82 között minden nyarát a Margitszigeten töltötte. Szerb Antal a Budapesti útikalauz marslakók számára című művében így írt a szigetről: „Margitsziget. A keskeny parkban, hol jobbra is, balra is láthatja felcsillanni olykor a Dunát, a mulandóság folyamát, a szinte már túlságosan szép virágágyak között, az alsó és a felső vendéglők között, itt szoktunk gyermekek lenni és itt szoktunk megöregedni. Itt öregedett meg a pestiek legnagyobb költője, Arany János is.”